Projet BILL: échantillonnages, extractions génomiques et analyses bioinfo

Article publié par les étudiants IMHE dans « The conversation »: Le saut d’espèce : quand un virus animal engendre l’émergence d’une maladie humaine

Suite à la rencontre aux MOD2018 organisées des étudiants du parcours BCD (Bioinformatique, Connaissance, Données) du Master SNS, le premier travail collaboratif entre les étudiants de master Bioinformatique et du master de microbiologie (IMHE). Ce premier travail transdisciplinaire a mené à la publication d’un papier avec les étudiants en co-auteurs ( Cyprinid herpesvirus 3 Evolves In Vitro through an Assemblage of Haplotypes that Alternatively Become Dominant or Under-Represented, Klafa k et al 2019) et présentation de posters.

L’équipe pédagogique BILL

  • Anna-Sophie Fiston-Lavier
  • Anne-Sophie Gosselin-Grenet
  • Jean-christophe Avarre
  • Marie-ka Tilak
  • Emira Cherif
  • Clothilde Chenal
  • Anthony Boureux
    (voir photos ci-dessous)

Avec en support

  • Aida Diouf, admin dept d’info
  • Colin Durand, techn dept BE
  • Jonathan Kirszling, DSIN

Et en collaboration étroite avec

  • Thérèse Commes
  • Mireille Galloni

Nos partenaires

Des étudiants acteurs de leur formation

Dans le projet BILL, nous souhaitons développer un laboratoire d’apprentissage interdisciplinaire innovant pour encourager les étudiants de biologie et de bioinformatique à interagir en conjuguant leurs compétences, et ainsi être acteurs de leur formation. Pour cela, nous travaillons activement à l’installation d’un espace collaboratif comprenant deux salles de biologie moléculaire dédiées au séquençage d’ADN, ouvertes sur deux salles informatisées modulables dans le nouveau bâtiment 35 de la Faculté des Sciences (en fin de construction). Dans cet espace dédié, les étudiants de licence et master de 3 départements d’enseignement (Informatique – Master Bioinformatique, Biologie Mécanismes du Vivant – Master IMHE et Biologie Ecologie – Licence EBO/EDEN) pourront générer et analyser eux-mêmes les données biologiques pour répondre ensemble à une même question scientifique. Une équipe pédagogique pluridisciplinaire et dynamique composée d’enseignants-chercheurs, de chercheurs et de techniciens les accompagneront jusqu’à la valorisation (rédaction de publications scientifiques internationales) et la dissémination des résultats obtenus (communications en congrès, vulgarisation auprès du grand public).

Renforcer la transdisciplinarité

Le projet BILL a pour but de soutenir le développement d’espaces d’apprentissage modulables, collaboratifs et innovants. Ces espaces ont vocation à encourager et faciliter les pratiques pédagogiques créatives qui favorisent l’intelligence collective, en ciblant la réalisation de projets communs par des étudiants issus de formations aujourd’hui cloisonnées (Ecologie, Biologie Moléculaire et Bioinformatique). Ce décloisonnement implique une stratégie d’aménagement et d’animation pédagogique des espaces, en particulier de ceux dédiés à la biologie moléculaire et la bioinformatique. Le projet BILL vise donc à renforcer la transdisciplinarité en connectant plusieurs formations de la Faculté des Sciences, et en décloisonnant les compétences et savoirs des étudiants et des enseignants.

Transformation de la pédagogie

Ce projet contribue à la transformation pédagogique de la Faculté des Sciences, et de l’Université de Montpellier en général, sachant qu’il n’existe à ce jour aucun espace collaboratif de ce type couvrant ces champs disciplinaires. La combinaison des formations impliquées permettra de recréer, dans les espaces collaboratifs, une version miniature des centres de recherche reconnus et soutenus par MUSE. Ces formations dynamiques sont basées sur le processus de Bologne qui vise à favoriser l’acquisition de compétences et l’employabilité. Elles sont reconnues à l’échelle nationale et soutenues par des sociétés savantes (SFBI – Société Française de Bioinformatique, SFV – Société Française de Virologie).

Utilisation de technologies innovantes

Dans le cadre du projet BILL, nous adaptons chaque année le projet de recherche et par conséquent les technologies utilisées. Les étudiants ont, entre autre, accès aux nouvelles technologies, un atout pour la compréhension de la recherche actuelle et pour l’intégration de leur futur laboratoire de recherche. Ci-dessous, Anne-Sophie Gosselin-Grenet présente dans le cadre du projet Objets Scientifiques Non Identifiés (1 objet, 1 histoire) porté par la Bibliothèque Universitaire, le Minion de Oxford Nanopore, un appareil dédié au séquençage de 3ème génération.

A proof of concept

Une preuve de concept a été réalisée en 2017-2018 dans le cadre des UE HMBA205 / HMSN305. Suite aux Montpellier Omics Days, il a été proposé aux étudiants en bioinformatique et des étudiants en microbiologie d’intéragir. Ils ont réalisé ensemble l’acquisition de données moléculaires puis leur analyse bioinformatique sous la supervision de Jean-Christophe Avarre. Ils ont travaillé ensemble sur une vraie question de recherche : Etude des mécanismes de virulence du Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3), l’agent étiologique de l’herpèsvirose de la carpe

Ce projet a conduit à la publication d’un article scientifique dans une revue internationale à comité de lecture avec les étudiants des deux promos sont co-auteurs :

Le soutien de nombreux partenaires et experts

Le projet BILL est soutenu par 4 départements d’enseignement de la FdS (Informatique, Biologie-Mécanismes du Vivant, Biologie Ecologie, Langues – Stephan Gasca). De nombreux experts nous ont également accompagné dans cette aventure : des experts en Biologie moléculaire/Séquençage ou Ecologie et des plateformes de biologie/séquençage (Plateforme qPCR Haut débit (qPHD);

Plateau de Génotypage-Séquençage GenSeq (UM/ISEM)) et d’analyse (Plateau de Technologies Biomoléculaires Haut Débit Pour l’Enseignement  (cluster NGSTC) via un co-financement avec Thérèse Commes et Anthony Boureux, de l’IUT de Montpellier).

La mise en place de l’espace BILL

Depuis 2019, l’équipe BILL a mis en place l’espace BILL au Bâtiment 35 du campus du Triolet avec l’accord de la direction du dept d’enseignement de Biologie-Ecologie.

Dans ce bâtiment, Colin Durand et Jonathan Kirszling ont accompagné l’équipe BILL pour l’installation. Les étudiants motivés ont également bénévolement participé à cet effort, plus particulièrement à la décoration (Merci à eux).